排斥反应是小肠移植后最常见的并发症之一。众所周知，器官移植术后，一旦反复发生排斥反应，往往会造成移植物丧失，最终导致移植失败。
小肠移植患者排斥反应的临床表现复杂且不典型，通常表现为发热、厌食、腹痛、腹泻、消化液排出量增多、肠蠕动失常、消化道出血、乏力和精神怠倦等。若同时移植肝脏、胰腺发生排斥时还可出现黄疽、血清酶学检测可出现出现转氨酶、淀粉酶增髙等，但如果升高的尿淀粉酶下降则提示胰腺坏死，对淀粉酶升髙也需与急性胰腺炎鉴别。
许多脏器在移植时排斥反应在移植各器官表现不同，由于小肠含有大量免疫活性细胞而最容易被排斥，所以需要时刻监视排斥反应，患者可在移植术后1个月内，每周2次；3个月内，每周1次，进行小肠内镜检查并进行组织活检；若发生排斥时，肠镜检查需每日1次，而使用放大实时肠镜可以更好地发现排斥病灶。此外，在肝肠联合或多脏器移植时，肝脏、胰腺穿刺活检有助于对该脏器排斥反应的诊断。
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